ไบโอเทคให้ความสำคัญกับการสร้างเครือข่ายความร่วมมือ ทั้งในระดับภูมิภาคและนานาชาติ ทั้งกับหน่วยงานของรัฐและหน่วยงานเอกชน เพื่อผลักดันให้ประเทศไทยมีบทบาทสำคัญในเวทีเทคโนโลยีชีวภาพของโลก โดยเน้นความเป็นหุ้นส่วนในการทำงานวิจัย และการแบ่งปันความรู้ร่วมกัน โดยมีกลยุทธ์ในการดำเนินงานดังนี้

• การมีส่วนร่วมในองค์กรนานาชาติ -- ไบโอเทคเป็นผู้แทนประเทศและสมาชิกในองค์กรนานาชาติได้แก่ คณะอนุกรรมการอาเซียนด้านเทคโนโลยีชีวภาพ (ASEAN Sub Committee on Biotechnology) Asian Consortium for the Conversation and Sustainable Use of Microbial Resources (ACM), Asia-Pacific International Molecular Biology Network (A-IMBN) และ Generation Challenge Programme (GCP) เป็นต้น
• การส่งเสริมความร่วมมือกับหน่วยงานต่างประเทศ -- โดยการจัดทำบันทึกข้อตกลงความร่วมมือกับสถาบันวิจัย และสถาบันการศึกษาในต่างประเทศ และจัดสัมมนาวิชาการร่วมกับหน่วยงานต่างประเทศ เพื่อส่งเสริมการแลกเปลี่ยนข้อมูลงานวิจัย อันจะนำไปสู่การสร้างกิจกรรมความร่วมมือวิจัยและแลกเปลี่ยนบุคลากรต่อไป
• การเป็นศูนย์กลางการวิจัยและพัฒนาด้านเทคโนโลยีชีวภาพของภูมิภาค -- ไบโอเทคส่งเสริมให้มีนักวิจัยและนักศึกษาต่างประเทศ เข้ามาทำงานร่วมกับนักวิจัยไทยในศูนย์วิจัยปฏิบัติการของไบโอเทคและศูนย์ปฏิบัติการเครือข่าย เพื่อส่งเสริมการสร้างความร่วมมือในระยะยาว