ห้องปฏิบัติการวิจัยจีโนม
Genomic Research Laboratory

ห้องปฏิบัติการวิจัยจีโนม มุ่งเน้นการพัฒนาเทคโนโลยี high-throughput sequencing เพื่อใช้ในการหาลำดับเบสของดีเอ็นเอในสิ่งมีชีวิตต่างๆ เพื่อทำการศึกษาระดับจีโนมและทรานสคริปโตม สร้างแผนที่พันธุกรรม และเพื่อค้นหายีนที่สัมพันธ์กับลักษณะสำคัญทางเศรษฐกิจ พัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลเพื่อนำมาใช้ในการปรับปรุงพันธุ์ การศึกษาโครงสร้างจีโนมและเปรียบเทียบความแตกต่างของจีโนม โดยนำเทคโนโลยีที่ได้พัฒนาขึ้นไปประยุกต์กับงานวิจัยด้านเทคโนโลยีชีวภาพการเกษตรและการแพทย์ให้แก่หน่วยงานของรัฐและเอกชน

งานวิจัยและพัฒนา

  • การใช้ความเชี่ยวชาญทางด้าน population genetics, evolutionary และ functional genomics ในการสร้าง Fosmid/BAC libraries and 20kb-PacBio libraries เพื่อใช้ในการศึกษาลำดับเบสของจีโนม โดยในส่วนของการค้นหาและศึกษา genetic variation ในลำดับเบสของ DNA ทั่วทั้งจีโนมนั้น ทีมวิจัยสามารถจัดการและวิเคราะห์ข้อมูลจากเครื่อง sequencing technologies ได้อย่างหลากหลายอาทิ เช่น Ion Torrent, Illumina และ Pacific Biosciences โดยผลของการศึกษาลำดับเบสนั้นสามารถนำไปต่อยอดในงานทางด้าน de novo genome assembly, reference mapping, gene annotation และ comparative genomics ได้เป็นอย่างดี
  • การศึกษาลำดับเบสของ RNA โดยการสร้างลำดับเบสของ EST/cDNA/RNA/miRNA  เพื่อใช้ในการศึกษาด้าน gene expression profiles, alternate splicing รวมไปถึง transcript annotation ซึ่งลำดับเบส RNA มักถูกนำไปใช้ศึกษาในงานด้าน gene expression profiles งานด้าน alternate splicing และค้นหา transcripts ใหม่ๆ
  • การใช้ความเชี่ยวชาญด้าน genetic linkage analysis เทคนิค Genotyping-by-sequencing (GBS) เช่น reduced representation library (RRL) sequencing, targeted enrichment sequencing or amplicon sequencing ในการศึกษา genetic variation ใน populations ของพืชเศรษฐกิจ เพื่อตอบโจทย์ความต้องการระดับประเทศ 
  • งานด้าน metagenomics โดยการทำ shotgun หรือ amplicon sequencing ของ 16S, 18S, ITS fragments บนเครื่อง Ion Torrent หรือ PacBio สามารถใช้ศึกษา genetic diversity ในสภาพแวดล้อมที่น่าสนใจ เช่น ป่าพรุ แนวปะการังชายฝั่ง กระเพาะของสัตว์เคี้ยวเอื้องลำไส้ของปลวก เป็นต้น

ผลงานเด่น

  • Pootakham W, Mhuantong W, Yoocha T, Putchim L, Sonthirod C, Naktang C, Thongtham N, Tangphatsornruang S. (2017) High resolution profiling of coral-associated bacterial communities using full-length 16S rRNA sequence data from PacBio SMRT sequencing system. Scientific Reports, 7, Article number: 2774. doi10.1038/s41598-017-03139-4. 
  • Shearman, JR, Sonthirod, C, Naktang, C, Pootakham, W, Yoocha, T, Sangsrakru, D, Jomchai, N, Tragoonrung, S, Tangphatsornruang, S. The two chromosomes of the mitochondrial genome of a sugarcane cultivar: Assembly and recombination analysis using long PacBio reads (2016) Scientific Reports, 6, Article number: 31533. doi:10.1038/srep31533. 
  • Pootakham W, Sonthirod C, Naktang C, Ruang-Areerat P, Yoocha T, Sangsrakru D, Teerawattanasuk K, Rattanawong R, Lekawipat N, Tangphatsornruang S. (2017) De novo hybrid assembly of the rubber tree genome reveals evidence of paleotetraploidy in Hevea species. Scientific Reports, 7, Article number: 41457. doi10.1038/srep41457.
  • Somyong S, Poopear S, Sunner SK, Wanlayaporn K, Jomchai N, Yoocha T, Ukoskit K, Tangphatsornruang S, Tragoonrung S (2016) ACC oxidase and miRNA 159a, and their involvement in fresh fruit bunch yield (FFB) via sex ratio determination in oil palm. Molecular Genetics and Genomics 291:1243-1257.

เครื่องมือและอุปกรณ์วิจัยที่สำคัญ

  • PacBio RS II (single-molecule, long-read) sequencing platform
  • Ion S5 (short-read) sequencing platform
  • MassARRAY SNP genotyping platform
  • ZAG (Zero Agarose Gel) fragment analyzer
  • Pulse-field gel electrophoresis system
  • Fragment Analyzer (for measuring nucleic acid quality and quantity)
  • Pippin Pulse (for high molecular weight DNA size selection)
  • 96-well & 384-well PCR thermocyclers
  • 96-well liquid handler
  • Qubit Spectrophotometer

หัวหน้าห้องปฏิบัติการ

ดร. วิรัลดา ภูตะคาม

ติดต่อ

ห้องปฏิบัติการวิจัยจีโนม
ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ
113 อุทยานวิทยาศาสตร์ประเทศไทย
ถนนพหลโยธิน
ตำบลคลองหนึ่ง อำเภอคลองหลวง
จังหวัดปทุมธานี 12120
โทรศัพท์ 0 2564 6700
โทรสาร 0 2564 6707
 
 
การใช้ประโยชน์จุลินทรีย์ โดยมีความเชี่ยวชาญในด้านการคัดเลือกและประยุกต์ใช้จุลินทรีย์ที่มีคุณสมบัติพิเศษสำหรับใช้ในอุตสาหกรรมอาหารหมักรวมถึงอาหารสัตว์ การคัดเลือกจุลินทรีย์ที่มีคุณสมบัติเป็นโพรไบโอติก