ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (ไบโอเทค) ได้รับการจัดตั้งตามมติคณะรัฐมนตรี ภายใต้ระบบราชการในสังกัดกระทรวงวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและการพลังงาน เมื่อวันที่ 20 กันยายน พ.ศ. 2526 ต่อมาเมื่อมีการประกาศใช้พระราชบัญญัติพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี พ.ศ. 2534 และมีการจัดตั้งสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช.) ได้กำหนดให้รวมไบโอเทคเป็นส่วนหนึ่งของ สวทช. ซึ่งเป็นหน่วยงานพิเศษมีสถานภาพเป็นองค์กรอิสระ ทำให้มีความคล่องตัวสูง เพื่อเป็นแกนหลักในการสนับสนุน และการนำ วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีมาใช้ในการพัฒนาอุตสาหกรรม เกษตรกรรม สิ่งแวดล้อม รวมทั้งเศรษฐกิจ และสังคมของประเทศ