พื้นที่ “เหมืองผาแดง” ตั้งอยู่ในตำบลพระธาตุผาแดง อำเภอแม่สอด จังหวัดตาก ครอบคลุมเนื้อที่ประมาณ 2,077 ไร่ โดยในอดีตพื้นที่ดังกล่าวเคยเป็นแหล่งถลุงแร่สังกะสีที่ใหญ่ที่สุดของประเทศ เริ่มได้รับสัมปทานทำเหมืองในปี พ.ศ. 2515 และบริษัทผาแดงอินดัสทรี จำกัด (มหาชน) เข้าดำเนินกิจการต่อในปี พ.ศ. 2525 ก่อนปิดเหมืองในปี พ.ศ. 2560 เนื่องจากปริมาณแร่สำรองหมดลง ภายหลังการปิดเหมืองจึงได้ส่งคืนพื้นที่ให้กรมป่าไม้เพื่อดำเนินการฟื้นฟูระบบนิเวศที่เสื่อมโทรม และได้บูรณาการเข้าสู่ “โครงการส่งเสริมการเรียนรู้เพื่อการอนุรักษ์และฟื้นฟูสิ่งแวดล้อมอันเนื่องมาจากพระราชดำริ อำเภอแม่สอด จังหวัดตาก” ซึ่งเป็นโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร รัชกาลที่ 9 อันเป็นแนวทางสำคัญในการพลิกฟื้นผืนดิน โดยกรมป่าไม้และ สำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (สำนักงาน กปร.) ทำหน้าที่ประสานความร่วมมือระหว่างหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เพื่อขับเคลื่อนการฟื้นฟูสิ่งแวดล้อมในพื้นที่เหมืองผาแดงให้เป็น แหล่งเรียนรู้และสวนพฤกษศาสตร์บนพื้นที่เหมืองเก่า
ทั้งนี้ ได้มีการจัดทำแผนแม่บทระยะ 5 ปี (พ.ศ. 2565–2569) ร่วมกับมูลนิธิชัยพัฒนาและหน่วยงานภาคี เพื่อยกระดับพื้นที่เหมืองเดิมให้เป็นแหล่งเรียนรู้ธรรมชาติและสวนพฤกษศาสตร์ผาแดง ควบคู่การอนุรักษ์ ฟื้นฟู และการส่งเสริมเศรษฐกิจสีเขียวของชุมชนในพื้นที่เป้าหมาย นอกจากนี้โครงการฯ ยังได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ที่ทรงสานต่อพระราชกรณียกิจจากพระราชบิดา ด้วยพระราชปณิธานอันแน่วแน่ในการสนับสนุนงานด้านพฤกษศาสตร์และงานด้านสวนพฤกษศาสตร์ซึ่งเป็นพลังสำคัญในการขับเคลื่อนการอนุรักษ์และการพัฒนาพื้นที่ผาแดงให้เกิดประโยชน์เชิงวิชาการ เชิงสังคม และเชิงเศรษฐกิจอย่างยั่งยืน
ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (ไบโอเทค) สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช.) เป็นหนึ่งในคณะกรรมการบริหารโครงการ และได้ร่วมกับกรมป่าไม้ในการสนับสนุนงานวิจัย เทคโนโลยี และนวัตกรรม เพื่อฟื้นฟูและใช้ประโยชน์ทรัพยากรชีวภาพอย่างเหมาะสม อันเป็นฐานสำคัญในการยกระดับคุณภาพชีวิตของชุมชน สร้างมูลค่าเพิ่มจากทรัพยากรท้องถิ่น และผลักดันพื้นที่ผาแดงสู่ต้นแบบการฟื้นฟูระบบนิเวศควบคู่เศรษฐกิจชีวภาพอย่างยั่งยืน
ทั้งนี้ ไบโอเทคได้ขับเคลื่อนการดำเนินงานในพื้นที่เหมืองผาแดงโดยมุ่งเน้นเป้าหมายสำคัญ ได้แก่ (1) การสร้างคลังข้อมูลชีวภาพที่มีศักยภาพเพื่อการอนุรักษ์และการใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน (2) การวิจัยและยกระดับผลิตภัณฑ์ชุมชน และ (3) การถ่ายทอดเทคโนโลยีและองค์ความรู้แก่ชุมชนโดยรอบพื้นที่ผาแดง ผ่านการดำเนินงานที่ประกอบด้วย งานวิจัย 3 กิจกรรมหลัก และ 9 โครงการย่อย