ห้องปฎิบัติการความปลอดภัยระดับที่ 2 (Biosafety Level 2 – BSL2) เป็นห้องปฎิบัติการที่สามารถใช้ได้กับการวิจัยและทดลองสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรมประเภทที่ 1 และประเภทที่ 2 หรือบางลักษณะของงานประเภทที่ 3 โดยกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่ใช้ในการทดลองวิจัย มีความเสี่ยงอยู่ในระดับต่ำถึงปานกลาง  โดยลักษณะสำคัญของการควบคุมงานระดับความปลอดภัยทางชีวภาพ BSL2 จะคล้ายคลึงกับ BSL1 แต่มีข้อแตกต่าง คือ 1) ผู้ปฏิบัติงานในห้องปฏิบัติการต้องได้รับการฝึกเป็นพิเศษในเรื่องของเชื้อก่อโรค จากนักวิทยาศาสตร์ทางด้านจุลชีววิทยาและวิทยาศาสตร์อื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง และ 2) การทำการศึกษาสิ่งมีชีวิตก่อโรคที่อาจก่อให้เกิดการฟุ้งกระจายจะต้องทำในตู้ชีวนิรภัย หรืออุปกรณ์อื่นๆ ที่เหมาะสม สิ่งสำคัญที่สุดที่ต้องจัดหาและการปฏิบัติในห้องปฏิบัติการระดับ BSL2 มีดังนี้

• การฝึกอบรมทางเทคนิคเกี่ยวกับจุลินทรีย์ก่อโรคให้บุคลากรที่เกี่ยวข้อง
• เครื่องมือและครุภัณฑ์ตามระดับ BSL1 เป็นอย่างต่ำ
• มีตู้ชีวนิรภัย (biosafety cabinet) class I หรือ class II และ autoclave
• ผู้ปฏิบัติงานควรผ่านการฝึกในห้องปฏิบัติการ BSL2 มาก่อน